南北朝時代が終わり戦国の世へと繋がっていく西暦1400年代初頭、関東での動乱が始まった。
これにより常陸国鹿島神宮では大井に鎮座する鹿嶋神社の警護強化が必要となった。
名を受けた伊藤家（藤原家）を頭とする一族は現在の立会川から戸越五丁目内までを拓いて守備に当たり、自領の東の高台に祖先神である天児屋根命（春日神）を祀る祠を建てた。
伊藤家は平将門の乱を鎮めた藤原秀郷が氏神・鹿島神宮に残した子孫の流れと伝わり、後に下蛇窪村の名主となる。

江戸期に入ると街道や宿場の発展と共に伊勢信仰が急速に広まったこともあり、正保年間（1644～1648）に天照大神と応神天皇を勧請し「下蛇窪村鎮守・神明社」と社名が制定された。
神明社とは天照大神を主祭神とする神社の名称であり、伊勢・八幡・春日の三神をお祀りするのは三社託宣の形式を採ったものと推察される。
下蛇窪村の名称は天正19年（1591）長徳寺朱印地の文書に確認できる。

明治期になると東京府より管内の神明宮・神明社は天祖神社に統一せよとの令が下り、明治6年9月16日を以て当社も名を改めた。

現在では区内最大の御神木と大狛犬、区内最長の参道などを有し、神輿渡御、節分豆撒き、大祓形代流し、春秋の田祭りなどの伝統神事、雅楽や巫女舞、お囃子等の教化活動によって神社の尊厳護持、日本の文化継承を為している。

令和6年10月2日　天祖神社歴史研究会